生物菌肥可在植物微生物代谢循环中起催化作用，能促进土壤团粒结构的形成，改善土壤内部空隙空间，增加土壤生物活性，增强速效性养分的释放，有利于根系生长，提高植物的抗逆性。

　　施用生物菌肥是为了增加土壤“有益微生物”，而土壤微生物最显著的成效就是“分解有机质”。土壤中除了有益微生物之外，也有病原菌及有害菌的存在，这些有害微生物同样地会利用有机质来大量繁殖，其结果除了造成作物的病害之外还会导致土壤问题越发严重。

　　1、有机质和微生物之间的关系密不可分。

　　作物的残根败叶和施入土壤中的有机肥料等，经过土壤微生物的作用，腐烂分解，释放出营养元素，供作物利用，并形成腐殖质，改善土壤的结构和耕性。

　　2、土壤微生物还可以分解矿物质。

　　土壤微生物的代谢产物能促进土壤中难溶性物质的溶解。

　　3、生物菌肥与有机肥配合使用功效的主要体现。

　　有机肥提供有机质，生物肥提供有益微生物，土壤中有机质越多微生物才能活的更好。这样二者搭配施用，相互促进，取长补短，相互利用，可以改良疏松土壤，提高土壤的透气性、保水性，增强根系的吸收能力，提高肥料利用率，从而降低化肥的施用量。

　　随着有机物的增加，作物的抗逆能力也随之增强，供作物吸收利用，生物菌肥能够提高化学肥料的利用效率的原因，从而降低化肥使用量，最终土壤健康和食品健康才有所保障。